Gastroentrologija se bavi dijagnostkovanjem, lečenjem bolesti i funkcionalnih poremećaja organa za varenje u koje spadaju: jednjak, želudac, tanko crevo, debelo crevo, žučna kesa, jetra, pankreas, slezina. Svi ovi organi obrađuju sve što pojedemo ili popijemo. Želudac dnevno proizvodi blizu 2 litra želudačne tj. hlorovodonične kiseline koja učestvuje u varenju. Međutim, najveći deo procesa varenja uz pomoć enzima obavlja se u tankom crevu gde se i apsorbuje preko 90% hranljivih sastojaka. Tanko crevo je dugačko oko 7 metara, a kod žena je dvadesetak centimerata duže nego kod muškaraca.

Među najčešće poremećaje sistema za varenje spadaju: gastroezofagealni refuks (GERD), dijareja (proliv), hronična opstipacija (zatvor), gastritis, čir na želucu, čir na dvanaestopalačnom crevu, sindrom nervoznih creva, celijakija, Kronova bolest, ulcerozni kolitis, bolesti jetre (hepatitisi, ciroza, masna jetra), bolesti žučnih puteva, kamen u žuči, pankreatitis.

Naučna istraživanja pokazuju da u svetu više od 40% odraslih ima neki funkcionalni poremećaj organa za varenje. Najviše je zatupljen gastroezofaealni refulks, od koga boluje sve više starijih od 40 godina. Mnogi samoinicijativno ili u konsultaciji sa farmaceutom uzimaju lekove, ne obraćaju se doktoru, pa je njihov broj teško proceniti. U Srbiji više od 10.000 ljudi boluje od zapaljenskih bolesti creva, od čega jedna polovina ima Kronovu bolest, a druga ulcerozni kolitis.